高山腦水腫症的預防方式及概念和已經發生高山腦水腫症後的治療方式是截然不同的，前者著重在行進前及進行中的生理狀態和高山環境進行調適，而已經發生的治療方式則僅僅對已發生的病灶問題進行緩解。
每日爬升速度的適應
從進入3000公尺的高山及高原地區時，為了提升人體對高山缺氧環境的適應能力，必須以階段式的適應方式進行攀登。以每天大約在400-500公尺的爬升速度繼續行進高山高原地區，將是降低高山腦水腫症發生及損傷的最重要預防工作之一。
高山區的體能適應
1. 避免發燒感冒感染
2. 大量飲水及排尿
3. 盡止過量的運動
4. 忌諱煙酒及熬夜
5. 酌增體脂肪儲藏
耐缺氧的優化訓練
腦部對缺氧的生理反應是高山腦水腫症的主要發生因子，因此強化耐缺氧的概念也將針對身體對能量的再分配，以及身體細胞對能量耗損的節約上進行預防訓練。
──在體能訓練方面，主要以練習氣功及靜坐等方式，來鍛練身體對能量的最少損耗，練習方式以呼吸吐納的時間能夠大於每分鐘各一次的呼及吸氣（1 breath per min）為目標（也就是越慢越好）。另外也可以使用低氧艙或在水中的閉氣訓練，使腦部能對血液或能量的再分配得到適應。
──在預防性的保健品或增補劑補充方面，應以強調減少耗能ATP的天然品為佳，如市面上的專門研究Na+K+-ATPase（鈉鉀幫浦）成份的MLB-R7等萃取物，經試驗確已具有明顯的耐缺氧功效。
心臟輸出力的強化
心臟力不足是高山腦水腫症的主要危險因子之一，因此加強心臟輸出力是為預防高山腦水腫症發生的重要方法。
──在體能訓練方面，應以強調增加心肺功能為主，建議在登山前每週的運動頻率為3～5次，每天運動的時間至少應有20～60分鐘，而且運動強度為最大心跳率（220減年齡）的60%以上。
──預防性的保健品或增補劑方面，應以加強心臟力的天然品為佳，如市面上的丹參萃取物、高劑量CoQ10（每日1.5g以上）或MLB-R7等成份應具有明顯的功能，並以具有降低心跳數的功能者為佳。