缺氧性肺水腫
當登山者或遊客已患得到高山肺水腫症並且經治療痊癒之後，必須要防範習慣性的缺氧肺水腫症發生。研究發現這類的患者在平地正常氧氣濃度的環境中，仍然常患肺水腫症，這主要是因為患者的血液中的HLA-DR6抗原已在高山肺水腫症的過程中被激發，使得只要有缺氧的條件之下，很快的就啟動像在高山時血液重新再分配的機制，因而比正常狀態下更易發生致命的肺水腫症
肺部易感染症
高山肺水腫症的另一項危險的併發症，是容易發生肺部及上呼吸道感染的問題。當高山肺水水腫症發生之際，大量的液體堆積在肺泡內，提供某些細菌及病毒生長的良好溫床。同時加上體液及蛋白的外漏及氧化，使得身體大量的免疫系統在這時大量的被啟動，形成肺部多發性的發炎感染。
長期咳嗽哮喘
高山肺水腫症的另一項明顯併發症，是發生長期咳嗽哮喘的問題。當高山肺水水腫症發生之前後，劇烈的咳嗽或哮喘情況明顯的發生，研究發現這類的咳嗽並不只歸因於乾燥、冷凍氣溫、上呼吸道感染、或高碳酸血症所引發的咳嗽等因子，有可能是患者因為缺氧所引發的刺激所造成的連鎖反應。但過度的劇咳將同時引發上呼吸道的發炎，高山肺水腫症的患者更應小心避免。
肺部纖維化症
高山肺水腫症的一項難以回復的併發症，是肺部纖維化症問題。當高山肺水水腫症發生之後，過量的液體堆積及環境缺氧傷害造成大量肺部細胞凋亡在肺泡內，這些傷害因子將啟動肺部纖維化，逐漸的使肺部的吸氧功能減低。
肺部溶血症
高山肺水腫症另一項相當致命的併發症，是肺部溶血症問題。當高山肺水水腫症發生之際，即使只有過量的液體堆積在肺泡內，還不致於對身體發生嚴重的傷害。但是在高山高原中，扮演血液中溶血角色的組織纖維蛋白溶酶原活化因子（Tissue plasminogen activator (t-PA)) 發生異常升的現象。這項t-PA在醫界又稱為：胞漿素原活化劑，是中風時專門用來溶解血栓的緊急用藥。在高山肺水腫症的同時，肺部動脈將急遽的高升，當加上大量的溶血脢之作用時，則輕則發生血痰問題，重則可能發生血崩之慮。